Create new account

Oprogramowanie

one

Niezależny program umożliwiający ocenę potencjału hamowania prądu jonowego w kanałach potasowych hERG w komórkach serca. Dane wejściowe obejmują obliczone dla badanych związków właściwości fizyko-chemiczne oraz warunki eksperymentu in vitro. Wynikiem działania jest wartość binarna (IC50 poniżej/powyżej 1 microM) lub wartość pIC50, lub zależność stężenie leku - hamowanie prądu. Program jest zbudowany w oparciu o modele Random Forests oraz sztuczne sieci neuronowe, które dostępne są w repozytorium kodu źródłowego. one został napisany w języku Java i jest niezależny od systemy operacyjnego. Tox-Comp.net one jest dostępny bezpłatnie i rozprowadzany w oparciu o licencję GNU-GPL.

BDTcomparator

BDTcomparator wspomaga wybór optymalnego modelu realizującego klasyfikację binarną lub binarnej procedury diagnostycznej. Uzyskane wyniki predykcji są porównywane ze znanym wyjściem oznaczonym przy użyciu metody uznanej za złoty standard. Program estymuje punktowo oraz przedziałowo dokładność, czułość, specyficzność, dodatnią i ujemną wartość predykcyjną, ilorazy wiarygodności dla dodatniego i ujemnego wyniku predykcji. Ponadto obliczane są porównania parami dla wymienionych powyżej miar. BDTcomparator jest dostępny bezpłatnie do pobrania w wersji dla Linux_x64 lub Linux_x86 lub Win32 w ramach licencji GNU-GPL.